> 何を重要視するかで書式はいくらでも変わるが。

結局はこれにつきるんだよね。

> 一つ一つの音に魂を込めたいならば、某レコポのように一つの音に対し一つの行を割り振っていく方がいい。

この発想はなかった。
otoco のテーマに、「楽譜情報と演奏情報の共存」というのがあって、楽譜として表現できる情報 (n分音符とか、f とか p とか) と、実際の演奏に用いる情報 (タイムベースとか、ベロシティ値とか) とを、1つの MML から抽出する、ということを考えてた。
ただ、MML が楽譜を記述することを前提に設計されてしまえば、演奏情報を別途持つことの意味が薄れてしまう。
当初はそのギャップを、MML ステートメントにヒントを持たせることで解決しようと考えてた (例えば、実際の音の長さをタイムベースで指定する、等) んだけど、いっそのこと、楽譜情報としての MML とは別に、演奏情報としての MML だけを記述するモードを設けてみるのも面白いのかもとか思った。それこそ、1音 1行みたいな記述方式で。
楽譜用 MML から演奏用 MML を生成するコマンドを用意して、それを手直しする形で作り込む、っていう手もあるね。

作業効率という点から言うと、テキストデータの整理をするツールなんてのがあると便利かも。
メロディラインだけ従来の一般的なMMLで書いといて、それをレコポライクな１行対応のテキストに変換するとか。
EXCELファイルに変換してインポートってのもいいか。表にしちゃえばccの記述も案外ラクになりそうだ。